Durante el 2008 la ANA llevó a cabo la “Delimitación y Codificación de Cuencas Hidrográficas” aplicando el sistema internacional Pfasfstetter y tecnología SIG. Este sistema de delimitación de unidades hidrográficas, es de carácter analítico, organizado y de aplicación global. Está basado principalmente en la superficie de las unidades de drenaje y su ubicación dentro del contexto hipsográfico en el que se encuentra, en relación con las unidades de drenaje vecinas, respondiendo a criterios netamente topológicos.
Según la delimitación y codificación Pfafstetter de unidades hidrográficas del Perú, la cuenca Mantaro corresponde al nivel 4 y se compone de 18 subcuencas, 9 de ellas de nivel 5 y las otras 9 de nivel 6, tal y como se detallan en la tabla:
| Unidad Hidrográfica | Subcuencas | Código | Superficie | |
| km2 | % | |||
| Mantaro | Junín | 499699 | 1 719,86 | 4,98 |
| Pachacayo | 499692 | 821,46 | 2,38 | |
| Unidad Hidrográfica 499691 | 499691 | 2 113,26 | 6,12 | |
| Yauli | 499694 | 691,19 | 2 | |
| Unidad Hidrográfica 499693 | 499693 | 943,35 | 2,73 | |
| Unidad Hidrográfica 499695 | 499695 | 1719,26 | 4,98 | |
| Conocancha | 499696 | 717,75 | 2,08 | |
| Unidad Hidrográfica 499697 | 499697 | 995,15 | 2,88 | |
| San Juan | 499698 | 941,34 | 2,72 | |
| Bajo Mantaro | 49961 | 8 139,95 | 23,56 | |
| Cunas | 49968 | 1718,36 | 4,97 | |
| Huarpa | 49962 | 6 804,95 | 19,7 | |
| Ichu | 49964 | 1 382,73 | 4 | |
| Lag. Huarmicocha | 49960 | 88,37 | 0,26 | |
| Medio Alto Mantaro | 49967 | 891,77 | 2,58 | |
| Medio Bajo Mantaro | 49963 | 1 289,14 | 3,73 | |
| Medio Mantaro | 49965 | 611,62 | 1,77 | |
| Vilca | 49966 | 2 957,00 | 8,56 | |
| TOTAL | 34 546,51 | 100 | ||
Fuente: Estudio “Evaluación de Recursos Hídricos en la Cuenca de Mantaro” - noviembre 2015.