La calidad del agua es un tema fundamental para la planificación y gestión de los recursos hídricos ya que de ello depende la disponibilidad del recurso y poder atender las demandas sin comprometer la salud humana.
Las cuencas del Chira y del Piura, cuyas aguas abastecen las demandas de consumo poblacional y agrario tanto del Perú como del Ecuador, han sido objeto de las preocupaciones de las autoridades por la calidad de sus aguas, no solo por los vertimientos sin control, sino también por las actividades que se desarrollan en la parte alta de la cuenca y que generan un alto grado de contaminación que comprometen la calidad del agua y por ende la salud humana y el desarrollo de las actividades económicas. Estos problemas se agravan en épocas de estiaje al existir un factor de dilución menor.