El deterioro la calidad de las aguas se debe la geoquímica de los materiales que constituyen el sustrato de la cuenca en contacto con las aguas subterráneas y superficiales genera:
- - pH ácidos a muy ácidos por drenaje de rocas con minerales sulfurosos, presentes en gran parte de la cuenca alta del Caplina.
- - Arsénico y boro presentes en la mayor parte de mineralizaciones de origen ígneo que afloran en la cuenca alta.
- - Calcio, sodio y aluminio presentes en gran cantidad por disolución de minerales con estos componentes en rocas volcánicas de la cuenca alta.
- - Manganeso y hierro presentes en todos los minerales ferro-magnesianos presentes en las rocas aflorantes en la cuenca alta.
- - Plomo, zinc y cobalto en concentraciones elevadas en la cuenca alta. Puede explicarse por la fuerte disolución que generan los pH ácidos detectados en las aguas de esta zona
Así también el deterioro se produce por las presiones antrópicas directas e indirectas ejercidas sobre el recurso:
- - Mercurio en la cuenca alta del río Caplina en momentos de caudales altos (periodos húmedos). Seguramente relacionado con los pasivos ambientales de origen minero abundantes en esta zona de cuenca.
- - Contaminación bacteriológica debida a vertimientos crudos o sin tratamientos adecuados de aguas residuales urbanas y de lixiviados agropecuarios.
- - Salinización del acuífero de La Yarada, inducida por la explotación de recursos subterráneos para fines agrícolas en incremento exponencial desde los años ochenta del siglo XX.
- - Plomo, zinc y cobalto que podrían originarse por disolución de subproductos de actividades mineras depositados como pasivos ambientales en zonas próximas a cursos fluviales.